生物工程学院成立于1958年，其前身是食品工程系，2002年更名为生物与食品工程学院，是学校最早成立的二级学院，并于2010年独立命名为生物工程学院。
学院师资力量雄厚，拥有专任教师39人，教授14人，副教授10人，讲师15人；其中，博士生导师12人（含外聘博导3人），国务院政府特殊津贴专家2人，省优秀专家1人，省专业带头人1人，省特聘教授2人，省教学名师2人，省“百千万人才工程”百层次6人，大连市突出贡献专家1人。
学院拥有轻工技术与工程博士后流动站，轻工技术与工程一级学科博士学位授权点，轻工技术与工程（涵盖发酵工程、制糖工程2个二级学科）、生物学2个一级学科学术型硕士学位授权点；1个工程硕士授权点（生物与医药领域）； 4个本科专业（生物工程、生物技术、葡萄与葡萄酒工程、生物制药）。其中，轻工技术与工程一级学科是东北地区唯一拥有博士学位授予权的学科，是辽宁省双一流A类学科；生物工程专业2019年通过教育部国家工程教育认证，同年入选国家一流本科专业建设点，同时也是国家第四批高等学校特色专业，省本科工程教育教学模式改革试点专业；葡萄与葡萄酒工程专业2020年入选辽宁省一流本科专业，2022年入选国家一流本科专业建设点；生物技术专业2021年入选辽宁省一流本科专业；生物制药专业2021年经教育部批准设立新专业，并于2022年招收第一届本科毕业生。
学院拥有国家级生物催化技术国家地方联合工程实验室、辽宁省发酵工程重点实验室、辽宁省海洋生物催化重点实验室、辽宁省发酵工业产品工程技术研发中心等8个国家及省市级科研平台；拥有“大连工业大学——华润雪花啤酒（中国）股份有限公司”国家级工程实践教育中心、辽宁省生物发酵产业实训培训基地、辽宁省实验教学示范中心、辽宁省虚拟仿真实验教学中心和省级大学生校外实践基地等5个省部级教学平台。目前学院拥有的省轻型产业紧缺人才培养基地，已发展为东北地区生物工程技术人才培养的主要基地。近年来，学院先后承担国家级项目近40项；省市级项目百余项，出版专业译著和教材10余部；授权国家发明专利50余项； 横向项目合同额1900余万元。
学院注重人才培养，多年来考研率一直蝉联全校第一，部分学生考入厦门大学、北京航空航天大学、吉林大学、大连理工大学、中国海洋大学、江南大学、华东理工大学等985、211院校及国外著名高校继续深造。学生在全国大学生数学建模大赛、英语竞赛、大学生挑战杯、辽宁省动植物标本大赛等各级各类比赛中，取得多项优异成绩，并涌现出了辽宁省学习标兵班、辽宁省华育十佳大学生、辽宁省优秀共产党员等先进集体和个人。中国华润集团、中粮麦芽集团、星光糖业集团、百威英博、药明生物、合全药业等知名企业单位，每年均齐聚学院，广纳英才。毕业生年度就业率均在97%以上。良好的学习氛围与条件培养出一大批务实创新的人才，涌现出全国发酵协会理事长、制糖协会理事长、知名高校教授等大批优秀校友，在我国生物发酵行业具有很高的知名度和影响力。还有大批优秀校友已经成为单位主管与业务骨干，逐渐成长为生物行业的中坚力量。
学院始终秉持 “理实结合，学以致用，校企携手，人才共育”的宗旨，以校企协同培养为切入点，积极践行校企协同培养应用型人才的新模式。使高校教育教学与企业人才需求实现有效的对接。学院还拥有小型啤酒示范生产线、葡萄酒示范生产线、工业发酵示范生产中心，辽宁省生物发酵产业实训培训基地。以此解决实验教学与生产实践脱节等问题，提升学生学以致用的操作能力。
